根据十一届全国人大三次会议代表审议和全国政协十一届三次会议委员讨论提出的意见和建议，国务院对《政府工作报告》进行了反复推敲和认真修改，共修改15处

    《政府工作报告》中提出，要规范灰色收入。这引起了代表委员的高度关注。近年来，在一些领域、行业、社会阶层，处于中间地带的灰色收入越来越多，这些收入有的是合法的，有的是合理的，但也有一些不合法或者不合理，应该加以规范。对于那些合法的收入应该纳入到正常收入中进行管理，对于不合法的收入应该取缔。但是，目前大家对灰色收入理解不一。报告修改中充分尊重代表和委员们的意见，在第二部分“着力保障和改善民生，促进社会和谐进步”中“改革收入分配制度”一段，把“坚决打击取缔非法收入，规范灰色收入”改为“保护合法收入，调节过高收入，取缔非法收入”。

    其它较重要的修改之处还包括：

    把“所有新建、改建、扩建燃煤机组必须同步建成并运行烟气脱硫设施”，改为“所有燃煤机组都要加快建设并运行烟气脱硫设施”。

    在“推进矿产资源综合利用、工业废物回收利用、余热余压发电和生活垃圾资源化利用”后，加上了“合理开发利用和保护海洋资源”。

    在“加强城乡低保工作”后，加上“逐步提高保障水平”；在“要多渠道增加全国社会保障基金，加强监管，实现保值增值”后，加上“鼓励和支持慈善事业发展”。

    在“完善国有资本经营管理预算制度”后，加上“增强财政预算的透明度”。

    在“大力加强文化建设”中，把“加强文物保护”改为“加强文物和非物质文化遗产保护”。

    把“重点抓好西藏和四省藏区、新疆经济社会发展政策的制定和实施工作”一句，移至“加强对革命老区、民族地区、边疆地区和贫困地区的支持”之后等。