为确保一江清水流北京，近年来，按照“先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水”的原则，国务院南水北调办公室在工程建设中，把治污和环保工作放在重要位置，目前输水干线水质得到持续改善。根据《南水北调东线工程治污规划》，江苏、山东两省分别制定了４１个控制单元治污实施方案，确定东线一期治污项目４２６项，总投资１５３亿元。目前，已完成３９９项治污项目，东线水质大幅度改善，主要污染物呈现下降的良好态势。

    在中线水源保护方面，《丹江口库区及上游地区水污染防治和水土保持规划》已完成近期投资的６１％，已建在建水污染防治项目４９项，治理水土流失面积９９６７平方公里。目前，丹江口水库水质为地表水Ⅱ类，总体保持良好。

    截至目前，南水北调工程部分项目已完成建设任务并开始发挥效益。中线京石段应急供水工程完工后，已两次向北京输水逾５亿立方米，使北京成为首个南水北调工程受益城市，有效缓解了北京城市用水危机。丹江口大坝通过科学调度，今年入汛以来，三次泄洪削减洪峰，累计泄洪逾百亿立方米，发挥了巨大的防洪综合效益。

    东线江苏三阳河潼河宝应站工程作为首个开工建设并投入运行的泵站，在２００６、２００７年连续两年投入里下河排涝运行，累计抽排涝水２．０２亿立方米。江苏段刘山闸站、解台闸站、淮安四站输水河道、江都站改造等工程建成后，也在当地水资源调配和防洪排涝等方面发挥了重要作用。山东济平干渠工程建成后则累计泄排涝水近１５０００万立方米，减少农田涝灾面积近２０万亩，极大地改善了地方生态环境。